Rzadko się zdarzało, by grody pograniczne król darowywał duchownym, gdyż z reguły nie sprawdzali się w roli gospodarzy-obrońców. Stracili swoje nadania podhalańskie cystersi, straciły Pieniny starosądeckie klaryski. Muszyna stanowi chwalebny wyjątek.

W 1288 r. stała się własnością biskupstwa krakowskiego i pozostała w ich rękach aż do roku 1772. Dzięki szerokim uprawnieniom Muszyna z okolicami (zwana "państwem muszyńskim") trzymana była przez biskupów żelazną ręką. Wybudowali oni w Muszynie zamek, a miastu nadali prawo wydawania i wykonywania wyroków śmierci. Biskupi utworzyli w "państwie muszyńskim" oddziały harników - góralską "policję" przeznaczoną do zwalczania zbójników. Wielu z nich zostało w Muszynie straconych a najsławniejszą akcją z udziałem harników była wyprawa do Czorsztyna przeciwko przywódcy chłopskiego powstania - Kostce-Napierskiemu. Położenie przy granicznym szlaku handlowym przysparzało Muszynie znaczenia i dóbr, niosło jednak ze sobą spore zagrożenie. W 1474 r. zamek zniszczył król węgierski Maciej Korwin, a po zawarciu pokoju odbudował go i oddał prawowitym właścicielom. Świadectwem burzliwych czasów XVII w. jest najważniejszy zabytek miasta - kościół obronny z otworami strzelniczymi widocznymi pod dachem.

Obecnie Muszyna jest małym letniskowym miasteczkiem z kilkoma ujęciami wód mineralnych, do którego warto wybrać się na weekend. Tutejsze kolejowe przejście graniczne zasłynęło z akcji wysypywania zagranicznego ziarna na tory przez działaczy pewnej partii politycznej. Przez Muszynę przebiega jedyna droga do najnowszego przejścia granicznego ze Słowacją w Leluchowie.