W latach 1691-1693 podczas generalnego remontu po pożarze i zniszczeniach wojennych, zmieniono wystrój kościoła z gotyckiego na barokowy. Ponowna konsekracja kościoła odbyła się w 1783 r. Z powodu złego stanu technicznego świątynia została na krótko zamknięta w 1819 r. Podczas remontu pod koniec XIX w. cały kościół został pokryty polichromią. Po utworzeniu 28 X 1925 r. przez papieża Piusa XI Diecezji Łomżyńskiej, kościół farny św. Michała Archanioła w Łomży został podniesiony do godności katedry. Znajduje się tu czczony przez wiernych cudowny obraz Matki Boskiej Łomżyńskiej, koronowany w Łomży 4 VI 1991 r. przez Ojca Świętego Jana Pawła II.(encore55)