Kościół św. Jana Chrzciciela w Zajączkowie powstał w XIV w. zapewne na mocy fundacji właściciela lokalnych dóbr. Był jednonawową, orientowaną budowlą krytą dwuspadowym dachem. Bryłę uzupełniały zakrystia (od północy), kruchta (od południa) i wieżyczka z trzema dzwonami w zachodniej części dachu. Z postępem reformacji (?) w XVI w. świątynia zaczęła popadać w ruinę, tak, że w 1622 r. nie nadawała się do użytku. Jednak po przejęciu majątku przez rodzinę Konarskich (XVII w.) została odbudowana i na nowo wyposażona. Ponownie popadła w ruinę w XIX w., tak że rząd pruski - wbrew woli biskupa chełmińskiego - nakazał jej rozbiórkę. Ostatnią Mszę odprawiono w roku 1834, drewniany dach rozebrano w 1865. Do dziś ocalały zewnętrzne ściany i dzwony przeniesione do kościoła w Dźwierznie.