W 1999 roku podjęto decyzję o budowie kościoła. W 2000 roku poświęcono plac budowy, w 2002 roku wmurowano kamień węgielny. Budowę w stanie surowym zakończono w 2011 roku. Od 2013 roku trwały prace wykończeniowe wnętrz. Poświęcenie kościoła nastąpiło w 2019 roku. Bryłę budynku zaprojektował inż. Andrzej Ryczek – polski architekt i projektant wnętrz. Nawiązuje ona do kształtu polowego ołtarza, przy którym nastąpiła beatifikacja ks. Stefana Wincentego Frelichowskiego - patrona kościoła. Dokonał tego papież Jan Paweł II, 7 czerwca 1999 roku podczas pobytu w Toruniu.