Kościół wraz z sąsiednim kolegium został zbudowany w stylu renesansowym według planów Józefa Bricciusa w latach 1582-1594 dla osiedlonych w Jarosławiu w 1574 roku jezuitów. Fundatorką była Zofia z Odrowążów. W 1773 roku po kasacie jezuitów został on zamieniony przez Austriaków na magazyn wojskowy. W 1808 roku książę Adam Czartoryski wykupił kościół i podarował go parafii. Jego wnętrze uległo spaleniu w 1862 roku. Po remoncie kościół został poświęcony w 1863 roku. Obecnie jest to najstarszy kościół pojezuicki w Polsce.