W Dolinie Miłosierdzia Bożego w lipcu 2000 r. przystąpiono do budowy nowej, okazalszej świątyni. Budowa nowego, większego kościoła pw. Miłosierdzia Bożego stała się koniecznością z uwagi na stale rosnącą liczbą przybywających tu pielgrzymów. Kamień węgielny pod budowę świątyni poświęcił papież Jan Paweł II. Miało to miejsce 19 czerwca 1983 r. na Jasnej Górze. Projekt wnętrza został wykonany wg projektu księdza Marco Rupnika, jezuity pochodzącego ze Słowacji. Zgodnie z opracowanym projektem w 2018 roku wnętrze pokryte zostało mozaikami.