Pierwszy kościół w Niewodnikach został wzniesiony w XIII wieku. Nadmienia o jego istnieniu wrocławski biskup Laurentius w 1223 r. podczas uroczystości poświęcenia kościoła w pobliskiej wsi Skorogoszcz. Kościół wzmiankowany jest również w "Die Rechnung ..." - rejestrze świętopietrza w archidiakonacie opolskim z 1447 r. Pierwotnie był to kościół drewniany, który przestał istnieć prawdopodobnie w XVI wieku okresie reformacji. Obecna świątynia wzniesiona została w 1908 r.

Kościół zbudowany jest na planie prostokąta z węższym trójbocznie zamkniętym prezbiterium i wieżą wzniesioną na planie kwadratu przylegającą od frontu do nawy. Nawa świątyni nakryta jest dachem dwuspadowym, a wieża dachem wieżowym ostrosłupowym z krzyżem na szczycie.