W XVII wieku do Wolsztyna zaczęli przybywać pierwsi ewangeliccy osiedleńcy. Gmina luterańska szybko powiększała się i w XIX wieku stanowiła znaczącą część społeczności miasta. Pierwszy zbór zbudowano poza ówczesnymi granicami miasta, przy dzisiejszej ulicy 5 Stycznia. Przy nim założono jednocześnie cmentarz. Ograniczony teren nekropolii oraz jej położenie było powodem zaprzestania pochówków. Na początku XX wieku przeniesiono je na nowe miejsce przy ulicy Lipowej.

Po zakończeniu II wojny światowej i wyjeździe z miasta protestantów cmentarz wykorzystywany sporadycznie do 1948 r. popadał w coraz większe zapomnienie. Z czasem jego teren uprzątnięto i zorganizowano miejski zieleniec. Poza drzewostanem nie zachował się ani jeden nagrobek. O istnieniu cmentarza przypomina pamiątkowy głaz ufundowany na początku XXI w. przez władze Wolsztyna.