Historia szpitala sięga 1915 roku, kiedy to Kardynał Adam Stefan Sapieha założył Krakowski Biskupi Komitet Pomocy dla Dotkniętych Klęską I Wojny Światowej. W roku 1917 w Zakopanem w wynajętej willi "Orla" powstaje pierwszy Szpital dla dzieci dotkniętych gruźlicą, zwłaszcza kostno-stawową. W 1919 roku Kardynał Adam Stefan Sapieha przekazuje Szpital Wydziałowi Lekarskiemu Uniwersytetu Jagiellońskiego. W 1923 roku rozpoczyna się budowa obecnego budynku. W 1931 roku oddano do użytku Sanatorium Uniwersytetu Jagiellońskiego dla 300 dzieci. W okresie II wojny światowej, w latach 1939-1945 w budynku funkcjonuje niemiecki szpital wojskowy. Po zakończeniu wojny wraca w posiadanie Uniwersytetu Jagiellońskiego.