Inicjatorem powstania Cmentarza Obrońców Westerplatte był zastępca komendanta Składnicy, kapitanowi Franciszek Dąbrowski, który po wojnie, w stopniu komandora podporucznika dowodził kadrą Marynarki Wojennej w Gdańsku. Umiejscowiono ten cmentarz na miejscu wartowni nr 5 nieprzypadkowo, bo po wartowni pozostały ruiny i tu zginęło najwięcej obrońców Westerplatte.

Pierwszy cmentarz zaprojektował inżynier Stefan Jelnicki, a jego budowę rozpoczął Aleksander Kisielewicz. Wtedy umieszczono tu niepełną listę poległych i krzyż z żelbetonu. Za ogrodzenie służyły słupki z łańcuchami. Uroczyste otwarcie z udziałem władz wojskowych odbyło się 29 lipca 1946 r. W 1957 r wymieniono tablicę z listą poległych, a w 1962 r usunięto krzyż i ustawiono w tym miejscu czołg T- 34.

Znajdujący się tu krzyż Westerplatczycy przenieśli na cmentarz w Nowym Porcie. Urnę z prochami dowódcy - majora Henryka Sucharskiego, który zmarł w 1946 r w szpitalu w Neapolu złożono tu w 1971 r. 30 sierpnia 1980 r. krzyż powrócił na swoje miejsce. W 1989 r czołg przesunięto w kierunku placówki "Fort", na cmentarzu ustawiono krzyże symbolizujące poległych.