W 1418 r. klasztor dominikanów wszedł w posiadanie folwarku w ówczesnej wsi Prądnik Czerwony. W 1604 r. z inicjatywy zakonu wzniesiono w nim kaplicę św. Antoniego Eremity. Wkrótce z nieznanych nam przyczyn uległa zniszczeniu. Do dziś pozostała po niej sklepiona krypta wykorzystywana później jako piwnica.

W 1642 r. wybudowano obecną kaplicę z fundacji Jana Konstantego Morskiego, przeora krakowskich dominikanów. W 1871 r. pokryty gontem dach kaplicy spłonął na skutek uderzenia pioruna. W następstwie budowlę nakryto blachą. W 1926 r. od strony północnej dostawiono murowaną przybudówkę. W latach 2009-2014 przeprowadzono gruntowne prace renowacyjne, podczas których w 2011 r. wyburzono szpecącą przybudówkę.