Dzisiejsze Janowo składa się z pięciu dawnych wsi czynszowych, istniejących od XVI w. Dolinę Wisły zamieszkiwali żyjący w zgodzie osadnicy holenderscy i Polscy (menonici i katolicy), później również pruscy (luteranie). W Janowie istniał w XVIII w. niewielki zbór protestancki.

Dzisiejszy kościół powstał w latach 1867-1872 z inicjatywy większości katolickiej zamieszkującej okolicę. Zaprojektowano i wybudowano jednocześnie neogotycką świątynię, cmentarz i bramę cmentarną jako jednorodne założenie. Od powstania do dziś pełni funkcję świątyni parafialnej.