Parafię w Bychawie założono w XIV wieku i należy ona do najstarszych w lubelskiej diecezji. Dysponowała wówczas drewnianym kościołem p.w. św. Apostołów Piotra i Pawła. W połowie XVI w. właściciele Bychawy, Myszkowscy, z kościoła uczynili kalwiński zbór. W tym czasie świątynia uległa całkowitemu zniszczeniu.

Obecny kościół wybudowany został przez katolików na początku XVII wieku. Ta świątynia została wymurowana z kamienia i cegły na planie krzyża z dwiema zakrystiami przy prezbiterium. Kościół p.w. św. Jana Chrzciciela konsekrował bp. Tomasz Oborski. W XVIII wieku dobudowane zostały dwie kaplice przyległe do nawy.