18 kwietnia 1926 roku miał miejsce odczyt o Kościele Polskokatolickim, który wygłosił ksiądz Marian Piechociński, pierwszy misjonarz tego Kościoła w Zamościu. Słowa misjonarza padły na podatny grunt i niebawem wyłoniono Komitet Organizacyjny Powstania Parafii Polskokatolickiej w Zamościu. Pierwsza msza w języku polskim odbyła się 13 maja 1926 w dawnych koszarach przy ówczesnej ulicy Lwowskiej.

Zakupiono plac i w czerwcu 1927 roku oddano do użytku wiernych kościół a nazwę ulicy zmieniono na Odrodzenia. Duże zasługi przy organizacji nowej parafii miał Klub Radnych Polskiej Partii Socjalistycznej. W okresie II wojny światowej Niemcy zamienili świątynię na magazyn zbożowy, utrudniając w ten sposób jej funkcjonowanie. W 1993 roku kościół wyremontowano i w tym stanie pozostaje do dziś. W jego sąsiedztwie znajduje się parafia prawosławna.