Kaplica p.w. św. Szczepana usytuowana jest w przyziemiu romańskiej części wieży Wikaryjskiej - Srebrnych Dzwonów . W XV wieku kaplicę wybudowali biskup Jan Szafraniec - rektor Akademii Krakowskiej oraz jego brat podkomorzy i wojewoda krakowski Piotr Szafraniec z Pieskowej Skały, był on darczyńcą i protektorem Akademii Krakowskiej. Obaj zostali pochowani w tej kaplicy.

Od XVII wieku opiekę nad kaplicą przejął Uniwersytet Jagielloński. Tutaj umieszczano epitafia profesorów od tego czasu zaczęto nazywać ją kaplicą Doktorów. Duże okno w kaplicy wypełnia witraż przedstawiający opiekę sprawowaną przez M.B. Ostrobramską, w jego dolnej części wkomponowany został XV wieczny fragment herbu Starykoń Szafrańców. Witraż wykonano wg projektu Józefa Mehoffera. Artysta jest również wykonawcą polichromii w kaplicy.

W roku 1904 ustawiono tutaj pomnik poświęcony pamięci kardynała Jerzego Radziwiłła (kardynał zmarł i został pochowany w Rzymie). Pomnik w tutejszej kaplicy ustawiono w jego 304 rocznicę śmierci. Ołtarz marmurowy z kręconymi kolumnami projektował Franciszek Placidi. W centralnej części umieszczono obraz św. Jana Kantego - profesora Uniwersytetu Jagiellońskiego, powyżej obraz św. Karola Boromeusza twórcy Akademii Notti Vaticane.
Kaplicę zamyka brązowa krata z herbem Trąby rodu Radziwiłłów.