XIV wieczną kaplicę Męczeństwa Św. Stanisława przebudowano w XVII wieku w stylu barokowym z fundacji biskupa Andrzeja Lipskiego.

Kaplicę zbudowaną na planie kwadratu nakryto kopułą z latarnią. Kolejnej przebudowy dokonano w XVIII wieku z fundacji kardynała Jana Lipskiego, pracami kierował Franciszek Placidi . Przy zachodniej ścianie kaplicy znajduje się nagrobek biskupa Andrzeja Lipskiego, który zawiera niszę ujętą półkolumnami z trójkątnym przyczółkiem.

W niszy tej znajduje się sarkofag z leżącą postacią biskupa. Po bokach nagrobka umieszczono figury św. Andrzeja Apostoła i św. Jana Chrzciciela, nad całością ustawiono figurę Zmartwychwstałego Jezusa. Nagrobek kardynała Jana Lipskiego wykonano z dwukolorowego marmuru i alabastru. W tym nagrobku nisza ujęta jest pomiędzy pilastrami, w niej umieszczono sarkofag z postacią zmarłego kardynała. Do kaplicy wiedzie marmurowy portal zamknięty półkoliście pomiędzy pilastrami ze złoconymi, korynckimi kapitelami. W portalu umieszczono kratę, w której herb Grabie podtrzymują dwa orły.