W przyziemiu Zegarowej Wieży od XV do końca XVII wieku znajdował się katedralny kapitularz. Pomieszczenie to zostało przebudowane na kaplicę Czartoryskich. Na sklepieniu kaplicy znajduje się zwornik zawierający trzy tarcze herbowe: Orła, Trzy Korony Krakowskiej Kapituły oraz Dębno kardynała Zbigniewa Oleśnickiego. Polichromię kaplicy wykonał Karol Maszkowski.

Ołtarz w kaplicy wykonany w początku XVI wieku jest tryptykiem. W części centralnej przedstawia scenę ukrzyżowania z klęczącym królem. Tym królem jest Jan Olbracht, króla podtrzymuje biskup w infule z pastorałem, możliwe że tą postacią jest brat króla kardynał Fryderyk Jagiellończyk. Za twórcę ołtarza uważa się Stanisława Stwosza. W kaplicy znajduje się epitafium księcia Władysława Czartoryskiego oraz zejście do grobów królewskich.

Z prawej strony wejścia do kaplicy w dawnym gotyckim portalu wmurowano tablicę ku czci Jana Długosza w czterechsetną rocznicę jego śmierci z herbem Wieniawa.