W czasach, gdy na dzisiejszym obszarze Warszawy zaczęły powstawać pierwsze osady, Wisła była szeroko rozlewającą się rzeką. Przez wieki starano się jej bieg uregulować, budując tamy i groble. W XV w. zbudowano umocnienia brzegów w rejonie Czerniakowa, które mimo częstych powodzi przetrwały do XIX w. Regulacja Wisły po stronie Saskiej Kępy skorygowała jej koryto i skierowała główny nurt na lewy brzeg. Aby uchronić Czerniaków i biegnący nim trakt, w pierwszej połowie XIX w. przeprowadzono szeroko zakrojone prace zabezpieczające. Wtedy to powstał port w ślepym, liczącym około 1 kilometra kanale. Przy nim Andrzej Zamoyski w 1848 r. uruchomił Warsztaty Żeglugi Parowej.

Stocznia czerniakowska, budująca niewielkie statki oraz barki, funkcjonowała do 1969 r. Basen portowy po likwidacji stoczni przez lata próbowano przystosować do celów turystycznych. Zaniedbany i niedoinwestowany nie stanowił chluby dla stolicy. Dopiero zmiany ustrojowe oraz nowa polityka władz miejskich doprowadziły do jego znacznej rewitalizacji. Choć prace trwają nadal, to już dziś marina w Porcie Czerniakowskim należy do zadbanych i ciekawych miejsc nad Wisłą.