Targówek Fabryczny jest częścią Warszawy, w której w drugiej połowie XIX w. lokowały się liczne zakłady przemysłowe. Wraz z nimi powstały osiedla robotnicze. Na tym terenie do lat dwudziestych XX w. nie było kościoła, który zaspokajałby potrzeby tutejszych wiernych. Okazją stało się odzyskanie przez Polskę niepodległości. Kolejarze mieszkający i pracujący na Targówku zainicjowali budowę niewielkiej świątyni, która miała być wotum za odzyskaną wolność.

Do budowy kościoła wykorzystano materiały z rozebranego Dworca Wileńskiego. Architekt Stefan Szyller nadał obiektowi zakopiański charakter. Kościół ukończono w 1919 r. W 1948 r. świątynia przeszła remont, w trakcie którego dobudowano dwie boczne kaplice. Obok niej powstała drewniana dzwonnica.

Kościół Zmartwychwstania Pańskiego, bo takie wezwanie nosi, jest wyjątkową budowlą w przemysłowym krajobrazie tej części Targówka. Świątynia została wpisana do rejestru zabytków 29 marca 1999 r. decyzją A-806.