Lokalne podanie mówi, że w dawnych czasach w Złotkowie ukazała się jednemu z chłopów Matka Boża. W miejscu objawienia wierni postawili kapliczkę, w której następnie umieszczony został przeniesiony z Kleczewa obraz Najświętszej Marii Panny. „(…) A chociaż ten obraz później na powrót do Kleczewa zabierano“ – pisał ksiądz Alojzy Fridrich T.J. na 259 stronie III tomu wydanych w Krakowie w 1908 r. „Historyj cudownych obrazów Najświętszej Maryi Panny w Polsce“ – „za każdym jednak razem cudowną jakąś siłą do Złotkowa bywał przeniesiony”. Trudno dzisiaj zweryfikować przytoczoną legendę.
Mimo że Złotków (mała miejscowość położona w województwie wielkopolskim na szlaku łączącym Kleczew z Budzisławiem Kościelnym) wymieniony był w dokumentach już w 1284 r. (należał wówczas do kapituły gnieźnieńskiej), parafię erygowano dopiero na początku XIV w. W tym samym czasie, lub nieco wcześniej, powstał drewniany kościół, który został gruntownie odbudowany w 1598 r. Fundatorami świątyni zapewne byli właściciele Złotkowa. Pierwszym patronem parafii został św. Jan Chrzciciel. Być może kościół stanął na miejscu kapliczki. Według przytoczonej legendy przeniesiono do niego obraz Matki Bożej. Z tego okresu nie zachowały się żadne dokumenty, dlatego też nie można jednoznacznie potwierdzić, czy istotnie tak było. Wiadomo jest, że znajdujący się obecnie w złotkowskim kościele obraz Matki Bożej z Dzieciątkiem (jest to jedna z rozpowszechnionych w Polsce kopii obrazu Matki Bożej Śnieżnej) pochodzi z ok. 1640 r.
W latach 1743–1777 proboszczem w Złotkowie był ksiądz Augustyn Osięgłowski. Spisał w niewielkiej książeczce 36 doznanych cudów w latach 1740–1771 za sprawą Matki Boskiej Złotkowskiej. Piętnaście relacji z czynionych przez Matkę Boską Złotkowską cudów – zaczerpniętych zapewne z opracowania księdza Osięgłowskiego – zostało wpisanych do kroniki parafialnej. „Od początku istnienia parafii złotkowskiej – czytamy w kronice parafialnej – aż do roku 1880 kościół był bardzo nędzny, ubogi, zaniedbany, a żaden prawie z księży nie troszczył się o upiększenie świątyni”. W takim stanie zastał parafię obejmujący w lipcu 1875 r. probostwo ksiądz Apolinary Kędzierski – były wikariusz przy kościele parafialnym w Warcie.
Ksiądz Kędzierski niemalże od chwili objęcia nowej parafii rozpoczął prace budowlane. W 1880 r. za radą Franciszka Chrzanowskiego, dziedzica Dankowa, został pomurowany kościół z palonej cegły. Na budowę kościoła ogłoszona został zbiórka pieniędzy. Gospodarze dobrowolnie przekazali po 1 rublu z morgi, a na dach po 30 kopiejek, również z morgi. Służący i przedstawiciele innych zawodów zobowiązali się brać udział w pracach budowlanych.
W latach 1991–1996 kościół przeszedł gruntowny remont. Podczas tych prac odtworzono zamalowaną pierwotną polichromię. W 2005 r. ze względu na kult, jakim cieszy się w złotkowskiej parafii kult Maryjny, arcybiskup Henryk Muszyński (ówczesny ordynariusz Archidiecezji Gnieźnieńskiej) ustanowił kościół parafialny w Złotkowie Sanktuarium Matki Boskiej Złotkowskiej.
Inne zabytki świątyni to: chrzcielnica rokokowa z 1758 r.; ozdobiona gotyckimi malowidłami ambona późnorenesansowa z ok. 1600 r.; pochodzące z 1900 r. stacje Drogi Krzyżowej; ołtarz barokowy z przełomu XVII i XVIII w.