W czasach II Rzeczypospolitej oraz kilka lat po II wojnie światowej kościołem parafialnym garnizonu Białystok była świątynia św. Stanisława BM. Staraniem biskupa polowego Sławoja Leszka Głódzia Parafia wojskowa została ponownie erygowana 3 listopada 1993 roku. W kwietniu 1997 r. ks. Kapelan Tadeusz Pałuska urządził tymczasową kaplicę i kancelarię parafialną w baraku wojskowym przy ul. Kawaleryjskiej. Aktualnie istniejący kościół garnizonowy powstał w wyniku adaptacji połowy budynku warsztatowego Wojskowej Administracji Koszar.