W przeszłości niewielka liczba katolików na mszę udawała się do kościoła do wsi Tigenhagen (obecnie Cyganek). W okresie letnim odprawiane były msze święte również w kaplicy. W tym czasie zamieszkujący w Sztutowie baptyści posiadali własny kościół. Był to budynek murowany, na rzucie prostokąta i przykryty dwuspadowym dachem.

Neogotycki obiekt został wzniesiony w latach 1860-78. W 1945 r. wraz z wejściem na te tereny wojsk sowieckich wspólnota przestała istnieć. Sam kościół podczas działań wojennych nie został uszkodzony. Świątynia została przejęta przez katolików i po niezbędnym remoncie w 1947 r. poświęcona. W 1975 r. w związku z utworzeniem w Sztutowie parafii kościół został powiększony.