Król Zygmunt III Waza idąc w ślady swojego dziadka Zygmunta I Starego, postanawia przy Katedrze Wawelskiej wznieść kaplicę (mauzoleum), po śmierci swojej żony królowej Anny Austriaczki z Habsburgów. Kaplica już w założeniu w swojej formie stanowi odzwierciedlenie kaplicy Zygmuntowskiej. Zygmunt III Waza urodził się w zamku Gripsholm, w którym więzieni byli jego rodzice Jan III Waza i Katarzyna Jagiellonka - po kądzieli - ale płynęła w nim Jagiellońska krew. Po swoim dziadku z Polski ochrzczony został Zygmuntem. Te wydarzenia musiały rzutować na kształt kaplicy, jako pomnika ciągłości rodu Jagiellonów.

Wnętrze kaplicy barokowe. Ściany z okładziną z czarnego marmuru zawierają epitafia wszystkich męskich potomków polskiej linii Wazów. Kopułę wypełniają malowane sceny z życia Marii. W ołtarzu umieszczono obraz Wniebowzięcia NMP. Wejście do kaplicy z nawy katedry wiedzie przez portal w obramieniu kolumn z korynckimi kapitelami wspierającymi belkowanie z naczółkiem zawierającym kartusze herbowe. Kaplicę zamyka krata gdańska.

W XIII wieku istniała tu kaplica p.w. św. Piotra i Pawła. W jej podziemiach znajdował się pierwszy grób św. Stanisława. Reliktem po tej kaplicy jest ostrołukowa nisza, która była otwartą arkadą, przez którą wiernym podawano do ucałowania relikwiarz ręki świętego Stanisława. Po przeniesieniu szczątków świętego do wybudowanej konfesji w jego grobie pochowano biskupa Jana Prandotę, który doprowadził do kanonizacji św. Stanisława i sam zmarł w opinii błogosławionego. Obecnie trumienka z doczesnymi szczątkami biskupa Prandoty wmurowana jest nad wejściem do kaplicy.