Po śmierci króla Jana Olbrachta ( w 1501 r) problem z wynalezieniem miejsca na jego mauzoleum rozwiązała matka królowa Elżbieta Rakuszanka. Ona to poleciła wydzielić jedno przęsło z gotyckiej kaplicy św. Jana Ewangelisty i sfinansowała całość prac. Niszę grobową wykonał Franciszek Florentczyk - jest ona pierwszym renesansowym dziełem architektonicznym w Polsce.

Na dwóch filarach ozdobionych pilastrami ustawione zostało częściowe belkowanie z łukiem tryumfalnym. Pod łukiem ozdobionym kasetonami umieszczone zostały kartusze herbowe a całość zdobi bogata ornamentyka. Pod tym olbrzymim baldachimem ustawiono marmurową tumbę, na której spoczywa rzeźbiona również w marmurze postać króla. Zmarły przedstawiony jest w zbroi rycerskiej z przypasanym mieczem, ze wszystkimi insygniami władzy królewskiej oraz luźno upiętym płaszczem koronacyjnym. Późnogotycka rzeźba króla jest być może dziełem Stanisława Stwosza.

Pierwszy ołtarz z tej kaplicy przekazany został do Rudawy. Odnaleziony po wielu latach (po renowacji) ustawiony został w kaplicy Czartoryskich ( w której znajduje się wejście do grobów królewskich). Ołtarz - tryptyk - z XVI wieku jest również dziełem Stanisława Stwosza (syna mistrza Wita). Na jego skrzydłach przedstawione są rzeźbione dzieje z życia Chrystusa ze sceną Ukrzyżowania w środku. U stóp krzyża klęczy król - to Jan Olbracht (te same rysy twarzy króla na ołtarzu i na tumbie w kaplicy grobowej). Obecny ołtarz zawiera XVIII wieczny obraz św. Andrzeja (namalowany przez Salvatora Monosilio ) oraz w szczycie obraz przedstawiający komunię św. Stanisława Kostki. Po bokach ołtarza ustawiono figury obydwóch świętych.

Na wprost wejścia do kaplicy, pod gotyckim oknem, znajduje się pomnik zmarłego w 1538 roku biskupa, kanclerza wielkiego koronnego Jana Chojeńskiego ( był ulubionym, zaufanym urzędnikiem i doradcą króla Zygmunta Starego i królowej Bony ).