XIV wieczna kaplica Mariacka we wschodniej części ambitu katedry jest jedyną z trójpodporowym sklepieniem. W końcu XVI wieku kaplicę tę królowa Anna Jagiellonka przeznaczyła na mauzoleum swojego męża króla Stefana Batorego ( zm. 12 grudnia 1586 r.). Podczas tej przebudowy kaplica uzyskała bezpośrednie połączenie z zamkiem królewskim. Z tego też okresu pochodzi zachowana do dziś polichromia oraz stalle ustawione przy wejściu, nad którymi znajduje się chór muzyczny.

Przy północnej (lewej) ścianie kaplicy ustawiono manierystyczny pomnik króla Stefana Batorego, wykonany z węgierskiego marmuru - dzieło Santi Gucciego. W łuku tryumfalnym umieszczona została płyta z rzeźbą króla w tak dziwnej pozie, że gdyby ustawić ją pionowo to można by pomyśleć, że król tańczy.

W bocznych niszach ustawione zostały alegorie Roztropności i Męstwa. Grobowiec zawiera kartusze herbowe z często powtarzającym się rodowym króla - Wilcze Zęby. W XVII wieku po przebudowie kaplica uzyskała dwa portale wejściowe, pomiędzy którymi od strony ambitu ustawiono ołtarz św.Wacława (drugiego patrona katedry). Na ołtarzu umieszczono hebanowe tabernakulum bogato zdobione srebrem z wyobrażeniem Chrystusa i Ewangelistów.

W podziemiach kaplicy pochowano:
- królową Elżbietę Granowską, trzecią żonę króla Władysława Jagiełły
- starostę krakowskiego Gabriela Tarnowskiego.