Ulica Płowiecka przebiegająca przez Wawer już przed wiekami stanowiła jeden z ważniejszych traktów komunikacyjnych Mazowsza. Jej znaczenie wzrosło wraz z budową traktu brzeskiego w latach 1820-1823 oraz Kolei Nadwiślańskiej w 1871 r. Jednak wcześniej teren ten był w niewielkim stopniu zabudowany. W XVIII w. przy trakcie stała m.in. drewniana karczma. Zaznaczono ją na mapie Pertheesa z 1783 r., ale na początku XIX w. znikła. W 1803 r. Gilly na swojej mapie już jej nie pokazał. Powodem tego stanu rzeczy było prawdopodobnie spalenie w czasie kampanii kościuszkowskiej. Nie oznaczało to jednak końca wawerskiej karczmy.

Murowany budynek austerii powstał w latach trzydziestych XIX w. w miejscu spalonego w czasie powstania listopadowego drewnianego obiektu. Karczmę wzniesiono staraniem Zarządu Dóbr Wilanowskich, a jego pierwszym dzierżawcą w 1834 r. został Franciszek Kurkowski. On i jego następca Teofil Pancer rozbudowali gościniec oraz postawili budynki towarzyszące z kuźnią, stajniami i destylarnią wódek.

Po upadku powstania styczniowego władze carskie powołały w 1866 r. gminę Wawer, której zarząd i sąd umieszczono w budynku austerii. Od 1867 r. zespół budynków karczmy dzierżawiła rodzina Morantowiczów, która wykupiła je na własność w dwudziestoleciu międzywojennym. Morantowiczowie podnajmowali restaurację Szymonowi Walczakowi, któremu obiekt zawdzięcza dzisiejszą nazwę „Zajazd Napoleoński”. Za jego czasów nad wejściem widniał szyld-reklama brzmiący: „Karczma pod Napoleonem. Koniom woda – ludziom piwo i zgoda”. Po wojnie budynki zasiedlono lokatorami, a brak remontów spowodował znaczną ich dewastację.

Austeria wawerska została wpisana do rejestru zabytków w 1965 r., ale lepsze czasy nastały dla niej pod koniec XX w. Obiekt został gruntownie wyremontowany i mieści dziś elegancki hotel noszący oczywiście nazwę „Zajazd Napoleoński”, choć cesarz Francuzów nigdy tu nie był.