Kult Matki Boskiej Bolesnej w Świętej Wodzie rozpoczął się powstania cudownego źródełka. Według legendy niewidomy człowiek błąkający się po lesie usłyszał głos Matki Bożej która poleciła mu rozgrzebać ziemię i odnalezioną wodą przemyć oczy. Gdy odkopał źródełko i przemył wodą oczy został uzdrowiony. W miejscu odnalezionego źródełka zbudował studzienkę i powiesił przy niej obrazek Matki Boskiej. Na początku XVIII wieku kolejny wypędzony z domu niewidomy starzec Bazyli błąkając się po lesie usłyszał głos który kazał mu przemyć oczy w pobliskim źródełku. Gdy odzyskał wzrok postanowił zbudować w tym miejscu kapliczkę z wizerunkiem Matki Boskiej.

Kapliczka została poświęcona w 1719 roku. W XIX wieku kaplicę przejął kościół prawosławny. Obok źródełka postawiono murowany kościół prawosławny. W 1921 roku sanktuarium powróciło w ręce katolików. Podczas II wojny światowej świątynia została zniszczona i odbudowano ją dopiero po wojnie. Pod koniec XX wieku na terenie Świętej Wody utworzono parafię która w 2000 roku stała się Sanktuarium Jubileuszowym Roku Świętego Archidiecezji Białostockiej.