Sama stacja kolejowa postała w 1870 roku. Natomiast budynek dworca kolejowego powstał w roku 1926 wg. projektu Adolfa Pillera. Utworzenie dworca kolejowego stało się konieczne gdy w 1919 roku Polska odzyskała niepodległość, w związku z tym Zbąszyń stał się miastem granicznym, a dworzec kolejowy stał się dworcem granicznym. Dworzec utracił swą funkcjonalność po I Wojnie Światowej gdy w pobliskim Zbąszynku wybudowano węzeł kolejowy.

W pobliżu dworca początek ma szlak Rowerowy Zielony wokół Jeziora Zbąszyńskie oraz szlak czarny prowadzący do Nowego Tomyśla.