Cmentarz ten znajdował się wewnątrz zabudowań szpitalnych Szpitala Dzieciątka Jezus, założonego w 1754 r. przez słynnego księdza Gabriela Piotra Baudouina. Warto przy tej okazji wspomnieć, iż w owym czasie Warszawa nie miała jeszcze cmentarza ogólnego, zmarłych chowano na cmentarzach przykościelnych. Wyjątek stanowili samobójcy i skazani na śmierć, których grzebano na terenie należącym do kościoła p.w. Św. Jerzego przy ul. Świętojerskiej. Cmentarz przy Szpitalu Dzieciątka Jezus został zamknięty w 1799 r. na rozkaz Królewskiej Południowo-Pruskiej Kamery Wojny i Dóbr. Po likwidacji, na jego terenie został urządzony ogród, w którym stanął w tymże 1799 roku, przedmiotowy obelisk. Przez cały wiek XIX, ukryty poza szpitalnymi murami był dla warszawiaków nieznany. W ostatnich latach XIX-stulecia Szpital Dzieciątka Jezus przeniesiono na teren tzw. „folwarku świętokrzyskiego” do nowo zbudowanych – według projektu Józefa Piusa Dziekońskiego – gmachów. Obok nich wzniesiono kościół (precyzyjnie rzecz ujmując, była to kaplica w stylu gotyckim) i cerkiew. W tym też czasie przeniesiono – mimo licznych protestów – i ustawiono przed (rozbudowanym po 1912 r.) kościołem, obelisk. Był to rok 1901. W nowym miejscu obelisk stał lat kilkadziesiąt, ukryty za murem szpitalnym. Dopiero w trakcie powojennej odbudowy zniszczonego kościoła, mur przesunięty w kierunku wschodnim, odsłonił oczom ten mało znany do tej pory zabytek.