Legionowo wraz ze swoim rozwojem dzielone było na nowe parafie katolickie. Bezpośrednią przyczyną podziału starszych wspólnot była przyrastająca liczba wiernych. W 1984 r. podzielono parafię św. Jana Kantego wydzielając z niej parafię Miłosierdza Bożego. Objęła ona swoim zasięgiem część miasta położoną w pobliżu ulicy Kard. Stefana Wyszyńskiego. Jej proboszczem został ks. Lucjan Szcześniak. Nowopowołany proboszcz przystąpił do budowy kościoła i siedziby parafii pod koniec lat osiemdziesiątych. Oba obiekty ukończono w ciągu kilku lat. Nowa świątynia otrzymała oryginalną bryłę, a jej najciekawszym elementem jest scena ukrzyżowania znajdująca się po wschodniej stronie. Front kościoła stanowi arkada wsparta na czterech kolumnach. Elewację stanowi nietynkowana cegła układana w neoromańskie wzory. Kościół Miłosierdza Bożego położony jest u zbiegu ulic Kard. Wyszyńskiego i Targowej.