Idea budowy nowego kościoła w Legionowie powstała w 1989 r. Od 1990 r. rozpoczęły się przygotowania do jego wzniesienia na działce przy dzisiejszym Parku Jana Pawła II. Jeszcze w tym samym roku powstała kaplica, która była pierwszą świątynią nowo powołanej w 1991 r. parafii Najświętszego Ciała i Krwi Chrystusa.

W 1991 r. rozpoczęto prace przy budowie właściwego kościoła nowej parafii. Projekt architektoniczny wykonali architekci Andrzej Buchner, Witold Mieszkowski i Andrzej Żurawski. Nowoczesnemu opracowaniu nadali cechy tzw. neogotyku nadwiślańckiego, dzięki czemu świątynia otrzymała ciekawą i oryginalną formę.

Budowa kościoła trwała do 1999, a jego ostateczne wyposażenie do 2005 r. Kościół Najświętszego Ciała i Krwi Chrystusa został konsekrowany 29 maja 2005 r., a aktu tego dokonał abp Sławoj Leszek Głódź.