Do 1922 r. przy dzisiejszej ulicy Jerzego Waldorffa, w pobliżu Powązek Wojskowych oraz Fortu Bema stała drewniana cerkiew służąca załodze kompleksu obronnego. Cerkiew zbudowana została w drugiej połowie XIX w. w trakcie tworzenia fortyfikacji. W 1922 r. erygowana została tutaj nowa katolicka parafia, której patronem został św. Józefat Kuncewicz. Jej świątynią została dawna cerkiew, którą poddano przystosowaniu do nowej roli po 1920 r.

Drewniany kościółek przetrwał okupację, ale z biegiem czasu stał się zbyt ciasny. Podjęto decyzję o jego rozbiórce i w latach 1964-1966 wzniesiono nowy, murowany obiekt. Autorem projektu świątyni był arch. Marian Laurman.