Już na początku XVI w. znajdował się w Nekli kościół parafialny, nie wiadomo jednak kto i kiedy go zbudował. W pierwszej połowie XVIII w. drewniana świątynia zaczęła się chylić ku upadkowi. W związku z tym w 1749 r. Franciszek Odrowąż Wilkoński, kasztelan krzywiński i ówczesny dziedzic Nekli wystawił w jego miejsce nowy kościół, konsekrowany w 1752 r. Opis tego kościoła znajduje się w "Albumie Przewodnika Katolickiego" (nr 27) "Stary kościół w Nekli był drewniany, z bierwion dębowych i modrzewiowych zbudowany, tak grubych i twardych, że przy rozbiorze ścian kościelnych siekiery jakby od żelaza odbijać się zdawały (…)”
W 1899 r. na miejsce tego starego, drewnianego kościoła wybudowano nowy, murowany, według projektu Jana Łukomskiego z Frankfurtu. W 1901 r. miała miejsce konsekracja świątyni pw. św. Andrzeja Apostoła.
Do jej wnętrza przeniesiono całe barokowe wyposażenie starego kościoła: ołtarz główny z obrazem Ofiarowanie w świątyni z XVIII w. i figurami czterech ewangelistów, dwa ołtarze boczne: Matki Boskiej Różańcowej z ciekawym obrazem, malowanym częściowo farbami olejnymi na aksamicie, częściowo wykonanym z blachy cynowej oraz ołtarz św. Marii Magdaleny. W kaplicach bocznych warto zobaczyć ołtarze św. Anny i Najsłodszego Serca Jezusowego.
Podziemia kaplicy kolatorskiej kryją prochy rodziny fundatora. W kaplicy tej znajduje się epitafium poświecone Teodorowi Żółtowskiemu, jego żonie Franciszce i córce Annie. Po obu stronach tablicy w oknach umieszczone są piękne witraże figuralne, przedstawiające św. Teodora i św. Franciszkę, wykonane w królewskim zakładzie sztuki w Monachium. Inne witraże figuralne umieszczone są parami po obu stronach ołtarza głównego pod sklepieniem prezbiterium. W kaplicy bocznej znajduje się witraż w formie rozetowej, przedstawiający Serce Jezusa. Ściany boczne nawy głównej zdobią rozetowe witraże Matki Boskiej Bolesnej i Ecce Homo.
Nad rokokową chrzcielnicą wisi obraz Koronacja NMP, malowany na drewnie w połowie XVIII w., reprezentujący tzw. szkołę malarzy wielkopolskich. Obraz ten powrócił do świątyni w 1987 r. po dziewięcioletniej konserwacji. Na fasadzie kościoła umieszczona jest rzeźba Władysława Marcinkowskiego, przedstawiająca Chrystusa ukrzyżowanego, a pod krzyżem Matkę Bożą i św. Jana Ewangelistę. Pierwotnie tło pasji stanowiła złota mozaika, niestety, nie zachowała się do czasów współczesnych. Na zewnętrznej ścianie kaplicy kolatorskiej od strony południowej widnieje herb Ogończyk rodziny Żółtowskich, zwieńczony koroną hrabiowską.
Podczas II wojny światowej władze okupacyjne zamknęły świątynię, urządzając w niej magazyn odzieży, obuwia i lekarstw. W 1989 r. odnowiono wnętrze kościoła, w kolejnych latach zmieniono dach i odnowiono elewację zewnętrzną, a założona w 2001 r. zewnętrzna iluminacja świetlna podkreśliła bryłę kościoła.