Świątynia powstała w 1431 r. poprzez rozbudowę szpitalnej kaplicy św. Barbary z 1387 r. Przez stulecia była wielokrotnie niszczona przez pożary i toczące się wojny, służąc głównie protestantom. Pod koniec II wojny światowej została prawie doszczętnie zniszczona.

Jej odbudowa ruszyła dopiero w 1959 roku po ponownym przejęciu przez Kościół rzymskokatolicki. Kościół św. Barbary jest jednym z nielicznych obiektów sakralnych na tych terenach, w którym, w trakcie odbudowy, zastosowano współczesne rozwiązania architektoniczne, jak witraże ze szkła hutniczego projektu Barbary Massalskiej. We wnętrzu świątyni warto zobaczyć m.in. siedem zabytkowych rzeźb ofiarowanych przez Muzeum Gdańskie.