Pallotyni, należący do Stowarzyszenia Apostolstwa Katolickiego, osiedlili się w Otwocku w 1950 r. Zajęli początkowo dwa drewniane domy przy ulicy Żeromskiego. Zorganizowali w nich swoją kapliczkę. W 1981 r. zbudowali na swojej działce dom leczniczy i wychowawczy służący członkom Stowarzyszenia. W tym samym czasie powstała również kaplica, którą udostępniono okolicznym mieszkańcom.

W 1983 r. pallotyni zainicjowali budowę swojego kościoła. W 1985 r. przywieźli z Rzymu kamień węgielny, który pochodzi z grobu św. Piotra Apostoła. Kamień poświęcony przez papieża Jana Pawła II wmurowany został w ścianę przy wejściu do świątyni. Fakt ten dokumentuje pamiątkowa tablica. Kościół ukończono w 1987 r., a konsekrowany został rok później.

Od 1989 r. świątynia jest kościołem nowej parafii powołanej decyzją prymasa Józefa Glempa. Parafia oraz kościół otrzymały wezwanie Zesłania Ducha Świętego. Świątynia jest pięknie położona w sosnowym lesie, w którym biegnie ścieżka z kapliczkami-stacjami Drogi Krzyżowej umocowanymi na pniach drzew.