Pierwsze wzmianki o społeczności żydowskiej w Barczewie pochodzą z 1825, ale oficjalnie pierwsza gmina została założona w 1847 r. W 1870 r. gmina ta zwróciła się z prośbą do Magistratu o możliwość nabycia terenu z przeznaczeniem na cmentarz. Teren taki, o powierzchni 10 ha, otrzymano rok później przy ówczesnej ulicy Dobromiejskiej, obecnie Warmińska. Cały obszar krkutu ogrodzony został wysokim drewnianym płotem, a przed wejściem wzniesiono mały drewniany budynek, który pełnił rolę domu przedpogrzebowego.
W następnych latach cmentarz zapełniał się grobami, które tradycyjnie oznaczano macewami z hebrajskimi i niemieckimi inskrypcjami. Należy tu nadmienić, że pochówki na tym cmentarzu nie były dość częste; na przełomie XIX i XX w. gmina żydowska w Barczewie była nieliczna i nie przekraczała ok. 90 osób, a w następnych latach liczba ta sukcesywnie spadała. Ostatni udokumentowany pochówek odbył się w 1940 r.
W okresie wojny kirkut został częściowo zniszczony, jednak trzeba przyznać, że mimo okrucieństwa, jakie Niemcy stosowali wobec samych Żydów, cmentarz został przez nich uszanowany. Podobnie uczyniły wkraczające wojska radzieckie, tak że w 1945 r. kirkut zawierał wiele żydowskich macew pochodzących z lat 1873-1938. Okres wojny przyczynił się jednak do opuszczenia miasta przez tę społeczność i po zakończeniu działań wojennych do Barczewa nie wróciła żadna żydowska rodzina.
Dewastacja tej jakże historycznej nekropolii nastąpiła w latach 60. i 70. ubiegłego wieku. Ówczesne władze najpierw ogrodziły kirkut siatką, następnie usunięto nagrobki i zniwelowano teren. Planowano w tym miejscu stworzyć założenie typu parkowego, jednak, prócz małego boiska0, plany te nie zostały zrealizowane.
W 1995 r. - dzięki licznym naciskom Społecznego Komitetu Ratowania Dawnych Cmentarzy na Warmii i Mazurach - burmistrz Barczewa wydał decyzję o zlikwidowaniu zabudowań znajdujących się w granicach dawnego cmentarza. Tego samego roku rozebrano śmietnik i uporządkowano teren, ustawiono też głaz-pomnik dla upamiętnienia miejsca wiecznego spoczynku osób wyznania mojżeszowego. Niestety, nie można odzyskać dawnych macew; zostały one rozgrabione, posłużyły do umocnień skarpy w olsztyńskim parku nad Łyną lub po prostu zaginęły. Szkoda, gdyż w ten sposób bezpowrotnie zniknęła pewna część historii tego miasta, historii zapisanej w kamieniu.