Pierwszy rozbiór Polski położył kres działającej od 1594 roku Akademii Zamojskiej w Zamościu. W jej miejsce powołano Liceum Królewskie, które po przekształceniu działało do 1809 roku. Stanisław Kostka Zamoyski, ówczesny ordynat, przeniósł szkołę do Szczebrzeszyna i ulokował ją w budynku Ratusza.

Lokalizacja była tymczasowa, gdyż przystąpiono niebawem z wielkim rozmachem do budowy kompleksu szkół. Kompleks szkolny umiejscowiono przy ulicy Zamojskiej, najstarszej ulicy miasta którą od pradawnych czasów przebiegał szlak handlowy w kierunku Zamościa. Szkoła Wojewódzka w Szczebrzeszynie rozpoczęła rok szkolny 1 września 1822 roku w nowej siedzibie.

Cały kompleks stanowił szereg budynków dydaktycznych, cztery oficyny, budynki gospodarcze oraz ogród z alejkami spacerowymi. Szkoła szczebrzeszyńska podlegała kolejnym zmianom organizacyjnym, aż w roku 1852 została zamknięta a majątek rozparcelowano i w budynkach utworzono koszary dla wojska.

Podczas I wojny światowej w budynkach szkolnych znajdował się szpital wojskowy a zmarłych żołnierzy chowano w szkolnych ogrodach. Po odzyskaniu niepodległości w 1918 r. kompleks nadal  służył celom wojskowym. Na szczęście w wyniku sporów o dalsze losy szkolnych obiektów, w 1921 roku powrócili tu uczniowie.

W czasie II wojny światowej kompleks szkolny uległ znacznej dewastacji. Najpierw wojska niemieckie, potem rosyjskie miały tu swoje koszary. Budynki zrujnowano a w ogrodach wykopano rowy strzeleckie i okopy. W wyniku tych działań cmentarz z I wojny światowej przestał istnieć.

Po wyzwoleniu szkołę powoli odrestaurowano. Przez lata przechodziła wiele reorganizacji i choć dzisiaj zatarły się cechy świetności tego niezwykłego założenia, nadal służy celom edukacyjnym.