Pierwsza wzmianka o kościele w Żmijewie pochodzi z 1411 roku. Wiadomo też, że w 1713 roku bp Ludwik Załuski konsekrował drewnianą świątynię, która uległa spaleniu w 1863.
Obecny, murowany, neogotycki kościół powstał w latach 1873-1874. Poświęcił go w 1885 roku bp Henryk Kossowski. W ołtarzu głównym znajduje się obraz przedstawiający Jana Chrzciciela. W 1904 roku kościół pokryto ocynkowaną blachą. Remontowano go w 1953 roku. Obecnie stanowi część parafii Stupsk.