Gotycka budowla wznoszona od 1300 roku, pierwotnie jako kościół drewniany a potem murowany. Wewnątrz, w nawie głównej całe sklepienie palmowe świątyni wsparte jest przez jedną tylko kolumnę (symbolizującą biblijne drzewo życia). W prezbiterium zaś znajduje się ciekawe sklepienie sieciowe. Zachowała się częściowo polichromia renesansowa, częściowo jednak przemalowana przez Antoniego Tucha według rysunków Stanisława Wyspiańskiego.

Na ścianie nawy głównej możemy oglądać postacie Ojców Kościoła i Iwo Odrowąża biskupa z początku XIII w., fundatora szpitala Duchaków, którzy obsługiwali przez wieki kościół. Na jednej ze ścian widzimy ciekawe malowidło - Zwierciadło Grzesznika. Przy ścianie wejściowej mamy malowidła pasyjne z XV w. W kościele możemy zobaczyć najstarszy konfesjonał w Krakowie. Na ścianach znajdują się liczne epitafia, między innymi epitafium Heleny Modrzejewskiej.