Mimo że wiele tajemnic dotyczących Warszawy udało się już wyjaśnić, to nadal sporo czeka na swoją kolej. Jedną z nich są losy rozlicznych tuneli i podziemnych przejść, których sieć otacza Warszawę od Modlina po Pragę. Trudno jest dzisiaj owe tunele zbadać, gdyż część z nich jest zasypana, inne, pokryte grubą warstwą mułu, nie dopuszczają śmiałków, którzy zechcieliby je spenetrować. Podobno najdłuższy tunel biegnie w okolicach modlińskiego kościoła, przechodzi pod Cytadelą i kończy się gdzieś w pobliżu praskiego ZOO. Tunele owe znajdują się pod dnem Wisły.
Pod koniec lat 40. XX wieku, kiedy budowano Trasę W-Z, natrafiono na liczne korytarze pełne osobliwych zakamarków, zakątków i skrytek. Wszystkie miały rozmaite odnogi i rozgałęzienia. W czasie odbudowy Zamku Królewskiego także odnajdywano różne lochy i piwnice.
Szczególną tajemnicą osnute są podziemne korytarze, które biegną pod dawną kuchnią królewską, później pracownią malarską Baciarellego, a obecnie Pałacem Ślubów na Placu Zamkowym. Te głębokie lochy skręcają podobno z niesłychaną gwałtownością w stronę Wisły. Przed oczami śmiałków, którzy odważyliby się wejść w ich korytarze, pojawiłyby się nagle albo oślizgły i niemożliwy do przebycia stromy mur, albo grube na palec pajęczyny tkane przez zasiedziałe od stuleci pająki. Rozciąga się tam także olbrzymie królestwo splątanych korzeni, które nie natrafiając na żaden opór, rozrastają się i coraz mocniej sięgają w głąb ziemi. Zdarza się, że szerokość wejścia wiodącego do tego podziemnego miasta nie przekracza kilkudziesięciu centymetrów, zawężonych ponadto skamieniałym błotem. Panuje tam nieprzenikniona ciemność i cisza przerywana tylko krzykiem obudzonych nietoperzy. Na części trasy rzekomego czy rzeczywistego biegu lochów znajdują się także kościoły, a pod nimi krypty i katakumby, w których od wieków chowano zmarłych. Pełno jest więc w nich kości, szkieletów, zetlałych ubrań…
Dodatkową trudnością jest brak jakichkolwiek planów owych tuneli. Podobno kiedyś takowe istniały – musiały, skoro tunele zostały zbudowane. Wszystkie uległy jednak zniszczeniu wraz z całym zasobem archiwalnym Akt Dawnych. Dziś plany są niemożliwe do odtworzenia, choć nie można wykluczyć, że gdzieś tam, na końcu świata, a może nawet jeszcze dalej tkwią w jakichś zupełnie niewyobrażalnych miejscach. Mogą się także mieścić w archiwach rosyjskich, tunele budowane były przecież dla Rosjan i na ich zlecenie. Powstawały w latach 20. XIX stulecia, a jednym z projektantów był wybitny warszawski architekt Adam Idźkowski, wielka postać w dziejach nie tylko architektury, ale także inżynierii, autor m.in. – co najmniej dyskusyjnej – przebudowy warszawskiej katedry św. Jana. Po II wojnie światowej prof. Jan Zachwatowicz przywrócił ją do pierwotnego piękna i kształtu. Adam Idźkowski tak sprytnie obmyślił siatkę tuneli, aby biegły pod dnem Wisły i jednocześnie pełniły funkcję przeprawy mostowej na drugi brzeg. Warszawa nie miała w tamtych latach stałego mostu, a wystawienie mostu-tunelu było o wiele tańsze niż budowa przeprawy napowietrznej.
Czas, w którym pod kierunkiem Idźkowskiego rozpoczynano drążenie tunelu, nie był łatwy dla Warszawy. Zaczynała się utrwalać władza carskich namiestników, a miasto coraz intensywniej rusyfikowano. Nadawano mu rangę miasta rosyjskiego ze wszystkimi wynikającymi z tego faktu konsekwencjami. Prac nad podwiślańskim tunelem nie dokończono. Może przyczyną był wybuch powstania listopadowego i wystawienie w odwecie potężnej Cytadeli-twierdzy na Żoliborzu?...
Po roku 1831 tunel – podobno – zaczęto wykorzystywać na potrzeby rosyjskiego wojska. Pisze o tym znakomity badacz tematu Sławomir Jabłoński, który ustalił, że przy budowie tunelu pracowali więźniowie polityczni odsiadujący swoje wyroki w Cytadeli. Zachowały się pochodzące z początku XX wieku relacje osób opowiadających, że przejezdny jeszcze wówczas tunel służył do przewozu broni.
Rosjanie opuścili Warszawę w sierpniu 1915 roku. Przed wyjazdem wysadzili bezsensowne z pozoru zabudowania, w których podobno ukryte były wejścia do tuneli. Po dziś dzień w rozmaitych miejscach, choćby w Parku imienia Żeromskiego, istnieją jakieś włazy czy też nieoczekiwanie zapada się ziemia – zwłaszcza koło ZOO na Pradze, gdzie stale pęka kamienny parkan okalający ogród od strony ulicy Stefana Starzyńskiego. Ziemia, wyrównywana w czasie prac kanalizacyjnych czy remontów nawierzchni ulic, po pewnym czasie opada w tych samych miejscach. Takie dołki znajdują się też na skwerze przy Placu Hallera. Przykrywające je płyty chodnikowe osuwają się razem z ziemią i jak się na nich staje albo po nich przechodzi, odnosi się osobliwe wrażenie stąpania po gruncie sprężystym, ruchomym i grząskim jak bagno. Takie doznanie szczególnie potęguje się po długotrwałych deszczach.