Pierwsi pojedynczy Żydzi mieszkali w Słomnikach w XVI wieku, jednak pod koniec XIX stanowili już prawie 25% populacji miasteczka. Wtedy też powstała ich gmina wyznaniowa i zbudowana została synagoga przy ulicy Krakowskiej. W budynku tym znajdowały się również urząd gminy żydowskiej oraz szkoła religijna dla chłopców (cheder) i dziewcząt (bejt jakow).

6 września 1939 roku Słomniki zostały zajęte przez okupanta niemieckiego. Przesiedlono tu Żydów z okolicznych wiosek. W dniach 4-8 czerwca 1942 roku została przeprowadzona pierwsza akcja wojsk niemieckich; część Żydów trafiła do obozu zagłady w Bełżcu, a kilkudziesięciu zdolnych do pracy Żydów przewieziono do obozu w Płaszowie. W sierpniu tego samego roku w pobliżu miasteczka zgromadzono wszystkich Żydów ze Słomnik, a także z Miechowa. Przez kilka dni przetrzymywano ich na mokrych łąkach, po czym wyselekcjonowano zdolnych do pracy - którzy trafili do obozów w Płaszowie i w Rzeszowie. Na miejscu rozstrzelano ponad 500 starszych osób. Pozostałych Żydów skierowano do stacji, strzelając do nich przez całą drogę. Trafili oni do obozu zagłady w Bełżcu.

Budynek synagogi został zdewastowany przez Niemców podczas II wojny światowej. Po wojnie znajdowały się tu kolejno: kino, magazyny, warsztaty. Obecnie popada w ruinę - stan synagogi jest bardzo zły. W 1990 roku na frontowej ścianie budynku umieszczone zostały dwie tablice pamiątkowe - w języku polskim i hebrajskim - ufundowane przez Związek Żydów Słomnickich z Izraela.