Kaplicę pod wezwaniem Matki Boskiej Szkaplerznej wzniesiono z fundacji Jana Czodrowskiego w 1883 roku. W tamtych latach Jaroty były wioską [obecnie dzielnica Olsztyna], jednakże po wybudowaniu kaplica podlegała parafii pobliskiego Bartągu.

Kaplica jest budowlą prostą. Prostokątny korpus przykryto dwuspadowym dachem. Salowe wnętrze posiada drewniany, malowany strop kolebkowy, na ścianach zachowały się fragmenty polichromii. Główna fasada posiada ostrokołowy portal i wnękę z płaskorzeźbą przedstawiającą Matkę Boską.

Kaplica służyła mieszkańcom Jarot do końca lat 70-tych XX w. Rozrastanie się nowego osiedla, powstałego po wchłonięciu wsi w granice administracyjne Olsztyna, spowodowało potrzebę budowy nowej świątyni. Niestety, władze państwowe nie wyrażały zgody na wzniesienie kościoła. Wówczas posłużono się wjątkowym fortelem: władze kościelne wystąpiły o zgodę na dokonanie dobudówki do istniejącej kaplicy. Na podstawie tego zezwolenia wybudowano całkowicie nowy kościół p.w. Bogarodzicy Dziewicy Matki Kościoła.

Nowy kościół a tym samym nową parafię, konsekrował w 1984 roku prymas Józef Glemp. Obecnie wygląda to tak, jakby kaplica była dosłownie zrośnięta z nową świątynią jarocką i stała częścią dolnego kościoła.