Zajączki to miejscowość wzmiankowana w dokumentach kościelnych z 1357 r. Jako część Ziemi Wieluńskiej należała do ziem lennych księcia Władysława Opolczyka nadanych mu przez króla Ludwika Węgierskiego w 1370 r.

W drugiej połowie XVI wieku, po zajęciu przez arian dotychczasowej świątyni w parafii, starosta krzepicki Stanisław Wolski wraz z nuncjuszem papieskim Commedone zainspirowali działania związane z powstaniem nowego kościoła, zwracając się do króla Zygmunta Augusta o zgodę na budowę, którą otrzymali na mocy wydanego w 1565 r. dekretu. Bardzo szybko wybudowany został kościół drewniany pw. św. Zygmunta Męczennika. Służył parafianom blisko 200 lat. Zniszczony ze starości w 1750 r. rozebrano i postawiono nowy, wykonany z drewna modrzewiowego, ufundowany przez Józefa Winera, dzierżawcę starostwa Krzesickiego, pw. św. Rocha.

Obecny, murowany kościół pw. św. Franciszka z Asyżu wzniesiono w miejscu poprzedniego w latach 1924-1932. Inicjatywa budowy powstała w 1905 r., wówczas rozpoczęto zbieranie pieniędzy oraz gromadzenie materiałów na świątynię. Prace musiano jednak przerwać z powodu wybuchu I wojny światowej i objęcia Zajączków działaniami wojennymi. Kontynuację budowy podjęto 2 sierpnia 1923 r. Powstała trzynawowa świątynia z czterema późnobarokowymi ołtarzami, która istnieje do tej pory.