Do połowy XIX w. cmentarz zlokalizowany był wokół kolegiaty szamotulskiej. Nowy cmentarz parafialny w latach 1830-1831 założony został w pewnym oddaleniu od kościoła. Początkowo zajmował teren o powierzchni ponad 3 ha, zaś w ostatnich latach został powiększony. Na nekropolię od strony dużego parkingu wchodzi się przez bramę cmentarną z połowy XIX w.

Najstarszy nagrobek Marii z Zieleniewiczów Badzińskiej pochodzi z 1858 r. Na cmentarzu znajduje się kilka okazałych, ciekawych architektonicznie grobowców rodzinnych. Najokazalszym z nich jest grobowiec Miękwiczów z drugiej połowy XIX w. z neoromańskim portalem. Ciekawy jest również neoklasycystyczny grobowiec Kościelskich z końca XIX w. W osobnej kwaterze znajdują się groby powstańców wielkopolskich i żołnierzy z I wojny światowej. Na cmentarzu jest również zbiorowa mogiła dziesięciu Polaków rozstrzelanych przez Niemców podczas egzekucji publicznej przy ul. Franciszkańskiej w grudniu 1939 r.