Według legendy, około 1700 roku w jednym z domów położonych nad samą Wisłą ukazała się Matka Boska. Niedługo potem mieszkańcy wioski wyłowili z nurtu rzeki obraz Matki Boskiej, który w cudowny sposób sam płynął w górę rzeki. Na pamiątkę tych wydarzeń dom zamieniony został w kaplicę i tam też umieszczono obraz. Malowidło pochodzące z początku XVII wieku przedstawia scenę Zwiastowania. Po kilku latach, po wybudowaniu nowej, drewnianej kaplicy w 1728 roku, obraz przeniesiono. W podziękowaniu za łaski w 1735 roku wizerunek Matki Boskiej przystrojony został srebrną sukienką ufundowaną przez Walentego Żółtowskiego - opata klasztoru dominikanów w Płocku. Kolejna zmiana miejsca cudownego obrazu wiązała się z wybudowaniem nowego, tym razem murowanego kościoła w 1785 roku. Fundatorem nowej świątyni był podkomorzy wyszogrodzki Klemens Nakwaski. Wizerunek Matki Boskiej Kępskiej osadzony został w barokowym ołtarzu głównym, a na zasuwie umieszczono obraz św. Klemensa datowany na koniec XVIII wieku. Również z tego samego okresu pochodzą dwie drewniane budowle usytuowane nieopodal kościoła - kostnica i dzwonnica. Później wewnątrz kościoła umieszczone zostały klasycystyczne nagrobki zmarłych z rodu fundatorów świątyni.