W latach 1613 - 1618 jezuici Karol Malapert i Aleksy Sylvius prowadzili w Kaliszu obserwacje astronomiczne . Podczas prowadzonych badań posłużono się po raz pierwszy w Polsce lunetą o montażu paralaktycznym oraz specjalnym aparatem projekcyjnym służącym do oglądania i rejestrowania plam na słońcu . Obserwacje prowadzone były w wieży przy prezbiterium kościoła jezuickiego .

W 1797 roku kościół oddano ewangelikom , których spora grupa przybyła do Kalisza po II rozbiorze Polski , należącego przez pewien czas do zaboru pruskiego . Ewangelicy przystosowali świątynię do swoich potrzeb , dobudowując balkon , likwidując m.in. kaplicę Szyszkowskich , likwidując boczne ołtarze i konfesjonały . Kościół należał do gminy ewangelickiej aż do 1945 roku .