W miejscu, gdzie dziś stoi kościół św. Tomasza Apostoła, znajdował się drewniany zbór ariański, który został zniszczony w 1591 roku. Kościół został przerobiony przez karmelitów z Piasku z kamienicy, która powstała w miejscu zburzonego zboru. Kościół konsekrował biskup Tomasz Oborski we wrześniu 1621. W 1800 roku kościół i klasztor (sąsiednia kamienica) przypadły duchaczkom pracującym w szpitalu św. Ducha. Ostatnie większe prace restauracyjne miały miejsce w 1963 roku. Kościół jest przykładem stylu barokowego w architekturze. Fasada jest dwukondygnacyjna z XVII-wiecznym portalem wykonanym z marmuru dębnickiego. Wyposażenie wnętrza pochodzi z XVII-XVIII wieku. Część obrazów została namalowana przez Jana Bąkowskiego w latach 30. ubiegłego stulecia.