Historia świątyni w Twierdzy Modlin sięga 1829 roku, kiedy to Rosjanie wybudowali kopię cerkwi św. Aleksandra Newskiego z Cytadeli Warszawskiej. W dwudziestoleciu międzywojennym cerkiew prawosławna została przemianowana na kościół katolicki garnizonowy. W czasie wojny został lekko uszkodzony. Ze względu na sytuację polityczną w Polsce w latach pięćdziesiątych została rozebrana. Jedyną pozostałą pamiątką ze świątyni są dwa zwieńczające wieże krzyże. Po zlikwidowaniu koszar mieszkańcy barak przy ulicy Szpitalnej 21 zaadoptowali na kaplicę. W dniu 29 czerwca 2007 roku została erygowana dekretem księdza biskupa Piotra Libery parafia św. Barbary.