Sanktuarium św. Andrzeja Boboli znajduje się przy ulicy Rakowieckiej 61 w warszawskiej dzielnicy Mokotów. Historia Sanktuarium wiąże się z relikwiami św. Andrzeja Boboli, którego trumna z ciałem została przywieziona do Warszawy 20 czerwca 1938 roku. Srebrny relikwiarz został umieszczony w kaplicy zlokalizowanej na parterze budynku jezuickiego domu. Na przeszkodzie wybudowania świątyni w tym miejscu stanął wybuch II wojny światowej oraz panowanie po niej rządów komunistycznych. Dopiero w 1980 roku władze zakonne uzyskały pozwolenie na budowę kościoła. 17 kwietnia 1988 roku pierwszą mszę świętą w nowo wybudowanym kościele odprawił prymas Polski Józef kard. Glemp. 13 maja 1989 roku nastąpiło uroczyste przeniesienie relikwi św. Andrzeja Boboli do Sanktuarium.