Parafia NMP Matki Miłosierdzia związana jest z księżmi marianami, którzy przybyli na warszawskie Stegny w latach 70-tych. Zaczęli organizowanie nowej parafii, ale w czasach komunistycznych było to bardzo trudne. 8 września 1979 roku marianie uzyskali pozwolenie na budowę świątyni. 20 sierpnia 1981 roku rozpoczęły się prace budowlane przy wznoszeniu kościoła. 13 listopada 1983 roku ks. bp Władysław Miziołek wmurował kamień węgielny, który przywiózł z Rzymu - został on wydobyty z grobu św. Piotra, a następnie poświęcony przez papieża Jana Pawła II. 27 marca 1982 roku została erygowana parafia pod wezwaniem Najświętszej Maryi Panny Matki Miłosierdzia przy ul. Św. Bonifacego 9. Budowa kościoła w stanie surowym została ukończona w 1986 roku. 29 marca 1987 roku świątynia górna została poświęcona przez ks. kard. Józefa Glempa, prymasa Polski. W 1987 roku została ukończona budowa kaplicy błogosławionego Jerzego Matulewicza, który był odnowicielem Zgromadzenia Księży Marianów, a w 1989 roku wieża oraz dzwonnica. 1 kwietnia 1992 roku zostały powieszone trzy dzwony: bł. Jerzy - 570 kg, Jan Paweł II - 989 kg i Matka Miłosierdzia - 1718 kg. Uroczystej konsekracji kościoła dokonał 31 maja 1993 roku ks. kard. Józef Glemp.